L'IAMZ assure la promotion et la coordination de programmes de recherche coopérative afin de faciliter la collaboration entre experts appartenant à des équipes de recherche de pays membres du CIHEAM et d'autres pays européens et non européens. L'objectif général est d'analyser les problèmes qui affectent l'agriculture, l'aquaculture, les ressources naturelles et l'environnement en Méditerranée, en menant une recherche conjointe de résultats et en permettant l'échange de résultats à travers l'harmonisation de la méthodologie et des techniques d'application.

Les projets de recherche trouvent souvent leur origine dans les réseaux et ont toujours une durée fixe (normalement de 3 à 4 ans) déterminée par leur financement, généralement externe, provenant principalement de la CE à travers ses différents programmes.

Lors des dernières années, l'IAMZ a consacré beaucoup de temps et d'effort à présenter des propositions à la CE, avec plus de 25 projets soumis aux programmes INCO, MEDA, Interreg, FP6, FP7, et H2020, dont 16 ont été acceptés pour financement. Dans le cadre de ces projets, l'IAMZ agit comme coordinateur administratif, jouant un rôle d'organisation et de gestion, ou bien agit comme partenaire, assurant le plus souvent les activités de formation et de diffusion. Lorsqu'il est coordinateur, l'IAMZ fait le lien entre les partenaires scientifiques et les bailleurs de fonds (Commission européenne), et entre les partenaires eux-mêmes, en travaillant en étroite collaboration avec le coordinateur scientifique, en organisant les réunions, en apportant son appui pour les questions administratives du projet, en présentant les rapports, etc.

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